Der Markt Burgwindheim liegt an der Bundesstraße 22, ca. 25 km westlich der Kreisstadt Bamberg (zwischen Bamberg und Würzburg), im Tal der Mittleren Ebrach und im Naturpark Steigerwald.
Die Lage zur Autobahn A3 Würzburg - Nürnberg und zur Autobahn A70 Schweinfurt-Bayreuth mit Anschlussstelle Eltmann ist günstig.